H1N1 and London workshop

Après un intensif workshop à Londres pour la compétition iGEM (vendredi/Samedi/Dimanche 21 juin), j'ai eu quelques signes de température, mal de tête et courbatures au dos (Mardi 23 juin).
Puisque ma femme était enceinte, j'ai donc voulu savoir si elle ne risquait rien. J'ai donc téléphoné à un docteur, qui a renvoyé la balle en direction de Samu. Une fois cette étape franchit, il me fut impossible revenir en arrière.
Nombreux coups de téléphone de la part de la DAS pour obtenir les coordonnées de toutes les personnes qui étaient avec moi. ce que j'ai refusé le temps d'avoir les résultats du futur test H1N1. Les pompiers ont débarqué chez moi en tenu de sécurité. La sortie de mon appartement devant le voisinage a été dure! J'ai été conduit directement à l'hôpital la Pitié au mauvais service, puis aux urgences, en passant le mauvais SAS, puis dans un box, puis changé de box, pour faire un test 2h plus tard, qui le lendemain ne donnait aucun résultat et qui au final s'est révélé négatif ! 3 jours sous Tamiflu ( molécule active : oseltamivir )Le retour s'est fait dans un taxi, il a donc fallu que les équipes médicales convainquent le chauffeur de me ramener (avec gant et masque).
Nous avons donc été consigné chez nous pendant 24h, Pauline et Pascale. Tant de déploiement pour une petite grippette. Ce fut une expérience inoubliable de la découverte des méandres de l'organisation en charge de la réponse à H1N1.


Links : wikipedia | http://www.pandemicflu.gov/ | Oseltamivir | iGEM | Pasteur |

iGEM London workshop

Après ma courte expérience iGEM en 2007 en tant qu'"advisor", j'ai décidé cette année de rejoindre l'équipe iGEM Paris 2009, en tant qu'instructeur.
Pour rappel, IGEM est une compétition internationale de design de machines génétiques. Le principe est de constituée une équipe d'étudiants de niveau L1 à M2, très motivés.
Apres une préiode de brainsorming, les étudiants sélectionnent un projet dont le but est de réaliser une bactérie ingénieriée qui soit capable de réaliser une fonction (Biosensor, Biormediation). Les étudiants réaliseront ce projet à travers la conception, le design, et la synthèse de BioBricks. Il semblerait qu'il y ait 3 équipes françaises cette anne année : Strasbourg, SupBiotech et Paris, qui est regroupement d'étudiants de différentes universités et grandes écoles françaises.

Je participe en ce moment au workshop à Londres : "Teach to the teacher", je suis accompagné par Guillaume , instructeur à la paillasse et par 3 étudiants, Sylvain, Luc et Christophe Chabbert. Notre week-end a consisté au suivi de différents tutoriaux, de discussions avec les autres équipes. Les équipes sont nombreuses cette année, et c'est sûrement la dernière année que la compétition est organisée dans ce format, d'apres randy Randy Rettberg, fondateur de la compétition.

The International Genetically Engineered Machine competition (iGEM) is the premiere undergraduate Synthetic Biology competition. Student teams are given a kit of biological parts at the beginning of the summer from the Registry of Standard Biological Parts. Working at their own schools over the summer, they use these parts and new parts of their own design to build biological systems and operate them in living cells. This project design and competition format is an exceptionally motivating and effective teaching method.

Links : http://2009.igem.org/ | http://partsregistry.org/ | http://www.igem-paris.org |

TOWARD SAFE GENETICALLY MODIFIED ORGANISMS

Dans un article à paraître chez Chemistry & Biodiversity, Philippe Marlière et Piet Herdewijn proposent un framework pour développer des organismes modifiés génétiquement sécurisés.

Il existe 3 types de confinement: physique, sémantique ou trophique. L'originalité de l'approche développée par les 2 auteurs consiste à utiliser conjointement 2 types de confinement en simultané: sémantique et trophique. En effet, ils proposent d'utiliser des xeno-nucleic acids (XNA) en bonne et due place de l'ADN. La différence tient dans le squelette carboné qui ne serait ni un deoxyribose ni un ribose. A terme, les chercheurs envisagent non seulement de changer le squellette mais aussi d'introduire de nouvelles bases nucléiques. Pour cela, les OGM sécurisés ou OGS (GSO, Geneticaly Safe Organism) seraient équipés d'une machinerie dédiée pour la polymérisation de ces acides xéno-nucleiques, aboutissant à un confinement sémantique. Ces XNA seraient fournis aux GSO, qui ne seraient donc pas en mesure de les synthétiser eux-même, conduisant à un confinement trophique.

Ce double confinement constituerait une enclave génétique permettant le développement d'OGM surs ou sécurisés.
Ce framework, s'il est adopté par l'Europe, pourrait être une réponse aux développements actuels de la biotechnologie américaine menée entre autre par Craig Venter.

@lire dans le numéro de juin

Lien : Isthmus | XNA | ChemBioDiv |

CycSim - an online tool for exploring and experimenting with genome-scale metabolic models

Je vous annonce la publication dans Bioinformatics du mois de mai 2009 d'un article relatif à la plateforme web CycSIM.
Grâce à une interface simple, l'utilisateur peut :

• sélectionner un model mathématique du métabolisme d'organismes modèles (Escherichia coli, Acinetobacter balyi et Saccharomyces cerevisae),
  
• lui appliquer des perturbations (deletion simple ou multiple de gènes)
• simuler un environnement de croissance (une centaine de milieu)
• verifier sa capacité à produire les métabolites essentiels de sa biomasse sous cette ensemble de condition!
  

Venez-faire votre mutant et tester votre milieu préféré : http://www.genoscope.cns.fr/cycsim/

CycSim is a web application dedicated to in silico experiments with genome-scale metabolic models coupled to the exploration of knowledge from BioCyc and KEGG. Specifically, CycSim supports the design of knockout experiments: simulation of growth phenotypes of single or multiple gene deletions mutants on specified media, comparison of these predictions with experimental phenotypes, and direct visualization of both on metabolic maps. The web interface is designed for simplicity, putting constraint-based modelling techniques within easier reach of biologists. CycSim also functions as an online repository of genome-scale metabolic models.

Lien : Genoscope | Bioinformatics | CycSIM

Empreinte énergétique de Google

Selon le Times, le physicien de l'Université de Harvard Alex Wissner-Gross a calculé que 2 requètes Google généraient 14 grammes de CO2, soit l'équivalent de l'empreinte carbone d'une bouilloire en ébullition (15g).

Quelques jours, plus tard une polémique fait rage. Il semblerait que les propos du physicien n'est pas été bien transcrit.

La question des économies d'énergies concerne l'ensemble des infrastructures de nouvelles technologies. Ce n'est pas un problème spécifique à Google.

De plus, Google réfute les calculs en proposant que chaque recherche effectuée dans son moteur génère 0,2 gramme de dioxyde de carbone! La différence entre les 2 approches a un réel impact : 200 millions de recherches sont effectuées chaque jour via Google, qui produirait selon l'auteur 1 400 tonnes de dioxyde de carbone, contre 40 tonnes.
Ce chiffre grimpe également si l'on considère ou non que l'ordinateur est démarré pour la recherche: on passe ainsi à 10 grammes pour 15 minutes d'utilisation.

Il est important de noter que Google a une approche verte:

• en 2007 création du Climate Savers Computing Initiative. Ce consortium à but non lucratif a comme objectif de réduire de moitié l'énergie consommée par les ordinateurs d'ici 2010, ce qui permettrait de réduire la production de dioxyde carbone de 54 millions de tonnes par année.
• en 2008, Google.org a investit $45 million dans les énergies vertes et a développé tout un pan de recherche sur la réduction des couts énergétiques (RE).
• de plus il semblerait que Google est développé un serveur des moins coûteux en énergie.
  

En 2008 la consommation énergétique de google serait donc de 2.456 TWH/an.
Une centrale nucléaire de type EPR produissant 1,6 TWH/an

Il convient de rappeler que la protection environnement et les économies d'énergie sont à envisager non seulement au niveau politique, industriel mais aussi au niveau individuel!
Donc :

• n'oublier pas d'éteindre derrière vous
• utiliser des ampoules à basses consommation
• n'imprimer pas cette page!
  

Links : Times | LeMonde |LeMonde2 | CO2Stats | GoogleBlog | CalculConso |

Insitut pour les Biotech

2010: Centre de développement et d'innovation en bioengineering CEDIB

Un nouveau centre va nâitre en val-de-Marne, ce centre devra être un lieu de rencontres interdisciplinaires qui permettra aux laboratoires de recherche et aux entreprises franciliennes de développer des produits innovants issus de leurs recherches dans les domaines de l’imagerie et de la bioanalyse


Links : ValMarne | ParisDeveloppement | PresentationPowerPoint | CreditPhoto © NIST

Inner life of the cell

Une video extraordinaire sur les cellules. Ce film d'animation 3D montre ce qui se passe à l'intérieur de notre corps et plus spécifiquement à l'intérieur des cellules. Cela a révolutionné ma vision du monde cellulaire.

Here a beautiful vision of the Inner life of the cell. This video has been designed by a MIT team.

Links : | MIT Multimedia |