Biocamp

Happy New Year 2012

2012-01-08T12:08:00.001-08:00

La Famille Le Fèvre vous souhaite une excellente année 2012, réussite sur le plan professionnel et personnel et une excellente santé.
2011 aura été marqué par les révoltes humaines et aussi celles de la Nature,
J'espère que 2012 sera l'année du partage et de l'échange grâce à un travail collaboratif intense guidé par l'innovation.

Le Fevre family wishes you a happy new year 2012, success in the professional and personal area and an excellent health.
2011 was marked by human and Nature revolts,
I hope 2012 will be the year of sharing and exchange through an intense collaborative work guided by innovation.

Publication : Biologie de synthèse, développement, potentialités et défis

2011-12-14T23:43:00.000-08:00

Le rapport réalisé par le groupe de travail Biologie de synthèse à la demande du ministère vient de paraître.

Citation du site: http://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid58770/biologie-de-synthese-developpement-potentialites-et-defis.html

Un champ nouveau pour la recherche et l'innovation

Champ nouveau pour la recherche et l'innovation, la biologie de synthèse ouvre un potentiel économique devenu un enjeu de compétition internationale.

Son émergence et son évolution rapide s'appuient sur la puissance de la biologie moléculaire et sur les modèles mathématiques qui en intègrent les résultats, ainsi que sur la diminution des coûts du calcul scientifique et de la lecture et écriture de l'A.D.N.

La Stratégie nationale de recherche et d'innovation (S.N.R.I.), définie par le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche en 2009, a donc inscrit cette discipline émergente parmi les défis prioritaires. A ce titre, elle fait partie des "points forts" de certains projets retenus dans le cadre des Investissements d'avenir.Par ailleurs, le Ministère a passé commande à un groupe de travail d'un rapport de synthèse, porteur de recommandations sur le développement de cette technologie émergente. Ses résultats sont publiés aujourd'hui sous le titre "Biologie de synthèse, développements, potentialités et défis".

S'agissant de recherches dont les applications pourraient intéresser les domaines de la santé, du vivant, de l'énergie et de l'environnement, il est essentiel de prendre en compte, très en amont, les préoccupations éthiques et sociétales qu'elles peuvent susciter.

Le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche a donc décidé de mettre rapidement en œuvre une des recommandations du rapport "Biologie de synthèse, développements, potentialités et défis" et de créer un observatoire placé auprès du CNAM, structure de référence en matière de recherche.

Cet observatoire est chargé de collecter les informations sur l'activité française dans le domaine concerné, d'opérer une première mobilisation des acteurs par la circulation de ces informations, de suivre en temps réel les débats et les prises de position en liaison avec la communication scientifique, d'analyser les positions du secteur et ses avancées. Un site Internet ouvert au public complétera cette première étape d'un dispositif de dialogue avec la société appelé à se développer en même temps que cette technologie émergente.

2 livres en français sur la biologie de synthèse

2011-11-21T11:29:00.000-08:00

Je voulais vous signaler la publication de livres en 2011 la biologie de synthèse.

Le premier, "La biologie de synthèse, plus forte que la nature ?" a un format original pour traiter de ce sujet complexe, il a été écrit par François Képès, directeur de recherche au CNRS. [Edition LePommier]

Le second, "Fabriquer la vie : Ou va la biologie de synthèse ?" a été écrit à deux main par Bernadette Bensaude-Vincent et Dorothée Benoit-Browaeys, philisophe et journaliste dans le domaine de la science. [Amazon]

Bonne Année 2011

2011-01-02T23:38:00.001-08:00

Thank you from Google

2010-12-17T01:42:00.000-08:00

Have a look to the video given by google for this website:

http://www.youtube.com/adwords10?x=1d0cb6e14aae46c48e6f1c4cc8927798

HCB - Genetic Modification

2010-12-06T08:02:00.000-08:00

On the 1 and 2 december 2010, I went to HCB symposium on "New technologies of genetic modification" organised by HCB, Jean-Francois Pages and Catherine Golstein.

The Symposium focuses on Recent advances in technologies of genetic modification have raised questions about whether emerging technologies are appropriately taken into account in existing European regulatory frames. The symposium will focus on those technologies of genetic modification that do not clearly fall under the scope of European legislation, or for which the current regulation is unclear, illogical or inexistent.

I gave a talk on "Disabling the dissemination of synthetic species through redundant semantic and trophic containment", concepts developped by Philipe Marlière.

Biologie synthétique : Promesses et Dérives

2010-11-22T06:29:00.000-08:00

Links : « Biologie synthétique : Promesses et Dérives »
La conférence « Biologie Synthétique : Promesses et Dérives », organisée par Sup’Biotech en partenariat avec Biofutur, se déroulera le mardi 23 novembre 2010, entre 8h30 et 13h, à l’hopital les Diaconesses (18, rue Sergent Bauchart, Paris 12e). Elle traitera des enjeux et risques de la biologie synthétique, sous la forme de 2 tables rondes modérées par Anne Pezet, journaliste et consultante en pharmacie et en santé.

La première table ronde soulèvera la question des applications industrielles de la biologie synthétique : quelles sont les premières applications qui découleront de la biologie synthétique ? Quelles différences entre la modification de plusieurs gènes et la création complète d’un micro-organisme ? A quelle échéance de temps ? Quelle est la place de la France dans cette discipline ? Parmi les participants, on comptera Jean-Loup Faulon, directeur de l’Institut de Biologie Systémique et Synthétique (ISSB) au Genopole d’Evry, André Choulika, dirigeant de Cellectis , Daniel Thomas, professeur à l’université de Technologie de Compiègne, directeur d'études à l'Ecole Pratique des Hautes Etudes de Paris, membre de l’Académie des Technologies, président de l’Agence Régionale d’Innovation Picardie et Marc Delcourt, président de Global Bioenergies.

La seconde table ronde traitera des risques induits par la biologie synthétique. En effet, la possibilité de créer de nouveaux micro-organismes pose des questions éthiques (création de nouvelles formes de vie) et de biosécurité (bioterrorisme avec des agents pathogènes très puissants). S’agit-il de fantasmes ou bien de risques réels ? Faut-il appliquer le principe de précaution ? Parmi les participants à cette seconde table ronde, on comptera Jean-Michel Besnier, philosophe, auteur du livre « Demain, les post-humains », et François Kespes, directeur de recherche au CNRS et directeur du programme d'épigénomique au Genopole d’Evry.

D’autres personnalités, issues des domaines liés à la problématique, participeront à ces tables rondes.

Links: http://www.supbiotech.fr/evenements/

iGEM 2010 winner : Slovenia team ! And Paris Best Fondational Advance !

2010-11-08T12:06:00.000-08:00

The iGEM winner in 2010 is the slovenia team.

The students team build a system in order to use DNA, not as the a coding sequence but as an ideal scaffold for information processing.

This system allows to optimize the flux (quantity and quality) in metabolite production for instance!

Please have also a look to the iGEM Paris Liliane Bettencourt projects : the Memo Cell and the Population Counter: you can you manage cell in order them to count events.

The french Paris team wins again the Best Fondational Advance Price! that is really great!

Links: iGEM 2010: http://2010.igem.org/Main_Page |

Slovenia : http://2010.igem.org/Team:Slovenia/PROJECT/introduction |

Paris : http://2010.igem.org/Team:Paris_Liliane_Bettencourt/ |

Synbioworld : http://www.synbioworld.org/

Fete de la Science 2010

2010-10-22T01:41:00.000-07:00

Depuis près de 4 milliards d’années, le vivant s’est adapté à des environnements très variés par la génération d’une biodiversité foisonnante. Cette biodiversité, qui nous est accessible par la séquence des génomes des espèces, se manifeste en particulier par la variété des transformations chimiques réalisées au moyen des catalyseurs biologiques que sont les enzymes. Nous pouvons ainsi établir des liens directs entre séquences de gènes et la chimie faite par le vivant. Le Genoscope, Centre national de séquençage, développe tous ces aspects et vous propose de les découvrir au travers de conférences, ateliers expositions et visites. De la séquence à la biodiversité enzymatique, comment procède-t-on ? Que peut-on découvrir ? Quelles en sont les applications hors de la cellule ?

Dates : Samedi 23 & dimanche 24 octobre 2010
Horaires : de 9h30 à 17h30
Public : Tout public
Programme
Accès handicapé
Garderie pour les 3 à 6 ans

Links : https://www.genoscope.cns.fr/spip/Fete-de-la-Science.html |

Colloque Sciences de la vie en société

2010-09-28T01:59:00.000-07:00

Depuis l’appel de Paul Berg au début des années 1970 jusq’aux débats contemporains sur les cellules souches ou la biologie synthétique en passant par les controverses sur les OGM, les sciences et techniques du vivant sont au cœur des relations entre sciences et sociétés.

Bernadette BENSAUDE-VINCENT - Professeur, Université Paris X, Présidente de Vivagora

Jean-Michel BESNIER - Directeur scientifique du Secteur Sciences et Société du Ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, Professeur de philosophie à l’université Paris-Sorbonne

Christophe BONNEUIL - Chargé de recherche CNRS et associé Inra/SenS, IFRIS

Jean-Philippe COINTET - Chercheur Inra/SenS et IFRIS

Pierre CORVOL - Administrateur du Collège de France, Président d’Honneur du colloque

Nicolas DODIER - Directeur de recherche \ Inserm, Directeur d’études \ EHESS

Dominique DONNET-KAMEL - Responsable de la mission Association de malades, Inserm

Steven EPSTEIN - Professeur de sociologie \ Northwestern University

Pierre-Benoit JOLY - Directeur de recherche Inra/SenS, Directeur de l’IFRIS

Jean MASSON - Directeur de recherches, Inra, Président du centre Inra de Colmar

Claire MARRIS - Senior Research Fellow, Bios, London School of Economics et Inra

Vololona RABEHARISOA - Professeur \ Mines-ParisTech, Chercheur - CNRS

Catherine PARADEISE - Professeur, Université Paris Est-Latts, Présidente de l’IFRIS

Pierre TAMBOURIN - Directeur général de Genopole®

Brian WYNNE - Professeur, Lancaster University

Links : http://www.genopole.org/Presentation.html

La Recherche : spécial biologie synthétique

2010-09-28T01:56:00.000-07:00

Du premier génome synthétique à la cellule artificielle

Recréer la vie, c'est le thème de notre dossier de Une du numéro d'octobre. Du premier génome synthétique à la cellule artificielle, sommes-nous aujourd'hui capables de synthétiser des cellules de toutes pièces ?

Links : http://www.larecherche.fr/content/actualite-vie/article?id=28327 |

Back to Synthetic Biology with Craig Venter in 2005

2010-08-24T02:03:00.000-07:00

http://www.ted.com/talks/lang/fre_fr/craig_venter_on_dna_and_the_sea.html

International Conference on Synthetic Biology

2010-08-17T06:29:00.001-07:00

With the advent of high-throughput DNA sequencing and synthesis, it became possible to produce a list of molecular parts composing a living organism. Deconstruction of such parts can help us in the simplification of the existing organisms to be used later for grafting new functionalities.
This Top-Down approach to Synthetic Biology has produced many results. Alternatively, the Bottom-Up approach consists of engineering context-independent biological parts that could be properly interfaced and standardized to generate a targeted behavior into an existing organism. An ultimate approach would consist in the de novo construction of organisms using such biological parts in an in vitro setting.
The recent advances here are also very encouraging and they are allowing to better understand complex biochemical systems.

Our conference will allow the worldwide leaders in Synthetic Biology to show their latest advances.

As Synthetic Biology moves forwards, new Intellectual Property Right models need to be defined, and the choice of these models will have a major impact in shaping the future of Synthetic Biology. A session will be devoted to Intellectual Property to address these issues.

Our conference follows the Biomanufacturing Symposium also organized by Genopole® on December 14th, 2010, in which some applications of Synthetic Biology will be presented.

Links : http://www.genopole.fr/Accueil.html |

Et maintenant, fabriquer de la matière vivante

2010-08-17T00:35:00.000-07:00

Quelques liens sur la première bactérie au génome synthétique dans la presse.

Le Monde Diplomatique - Aout 2010

En annonçant, en mai dernier, qu'il avait créé "la première bactérie synthétique", le chercheur américain Craig Venter semble avoir négocié "un tournant dans l'histoire de la génétique", qui pourrait s'orienter vers "une industrialisation du vivant". Le Monde Diplomatique remarque que le développement de la biologie synthétique est porté par une baisse des prix (ceux des séquences codantes d'ADN par exemple), et par les progrès des technologies informatiques. Jugée "hautement spéculative", cette discipline fait, en outre, l'objet d'une "frénésie d'investissements". Le FBI a initié le concours iGEM auprès d'étudiants en biologie, chargés de réaliser un "bricolage bactérien". Le bioterrorisme s'impose, en effet, comme l'un des thèmes sous-tendus par la biologie synthétique. C'est d'autant plus préoccupant, signale Le Monde Diplomatique, que "la communauté des 'bidouilleurs' de la biologie qui achètent les séquences d'ADN sur Internet témoigne aussi des risques de cette libre circulation de gènes bricolés". Alexander Kelle (Centre de recherche sur le désarmement de Bradford) : "On devrait s'inquiéter du manque de réalisme des scientifiques vis-à-vis des usages militaires
Par Dorothée Benoit Browaeys

Pour Joël de Rosnay1, l’ancien directeur des applications de la recherche à l’Institut Pasteur, « Craig Venter n’a pas créé la vie, il a fait un copier-coller du génome d’une bactérie qui existe dans la nature ». Avant de reconnaître que c’est « la première fois qu’un être vivant a pour père un ordinateur ».

Liens : http://www.monde-diplomatique.fr/2010/08/BENOIT_BROWAEYS/19548 | http://www.larevue.info/article-science-religiosite-a-geometrie-variable.php |

AIV Master Registration is opened !

2010-06-04T04:26:00.000-07:00

As you probably know we started this year our M1 program which targets students from different backgrounds who wish to acquire the foundations for quantitative and integrative biological research through rigourous course curriculum (Systems, synthetic and computational biology, statistics, biophysics, medicine/science...) blended with experimental course, tutoring and long internship. The M2 has evolved as well, with the opening of a new track shared with the new biomedical engineering master of ParisTech & Paris Descartes. The now classic AIV M2, with 23 students this year on board, will obviously continue cruising next year...

The AIV will open its doors for potential candidates on Friday 11 June at 14:00 at the CRI. Students that cannot join us at this date are welcomed to contact us as well.

We hope that you will be able to diffuse this and the attached flyers to any potential students you may know (L3-M1, 'Grandes Ecoles'), mailing lists (+facebook, tweeter...) you may have access to or to anyone who may be in direct contact with potential students.

Else, our new website offers you the possibility to present the AIV students (M1 or M2) with potential projects for their 2010/11 internships. Simple form is available online: http://www.aiv-paris.org/component/option,com_facileforms/Itemid,296/?lang=en.

Many thanks for your help!

Ariel, Pascal and the AIV team

Links : http://www.aiv-paris.org/ |

Retour sur Synthia

2010-06-02T11:34:00.000-07:00

Synthia : la première bactérie contrôlée par chromosome synthétique a été créée

Le 20 mai 2010, après 15 ans de travail d'une équipe de 20 personnes et 40 millions de dollars d'investissements, une équipe de l'institut J.Craig Venter, a créé la première bactérie controlée par un chromosome synthétique.

Une prouesse technologique

1. Synthèse d’un chromosome bactérien circulaire de type Mycoplasma mycoides

a. Synthèse de plus de 1000 cassettes d'environ 1000 pb obtenus par assemblage d'oligonucléotides issus de synthèse chimique par l'entreprise Blue Heron;

b. Assemblage en 111 intermédiaires synthétiques de 10 kb à partir de fragments précédents recombinés dans Sacharomyces cerivisae et transférés dans Escherichia coli;

c. Assemblage en 11 intermédiaires synthétiques de 100 kb à partir des fragments précédents

d. Assemblage des fragments de 100 kb en un unique chromosome bactérien circulaire de 1.08-Mbp

2. Transfert de ce chromosome bactérien dans des cellules bactériennes pré-existantes du type Mycoplasma capricolum

3. Selection d'une population de cellule possédant uniquement le chromosome synthétique

a. Nom : Mycoplasma mycoides JCVI-syn1.0

b. Surnom : Synthia

Résultat
Les cellules Synthia, avec un unique chromosome de type synthétique sont capables de se répliquer, et de croître de manière exponentielle. Elles sont aussi capables de faire de la transcription de leur gène en ARN, et de faire ensuite des protéines par traduction. Leurs propriétés morphologiques et phénotypiques (protéomique, vitesse de croissance) sont équivalentes aux cellules naturelles de type Mycoplasma mycoides.

Une cellule de synthèse, mais réalisée par transfert dans une cellule pré-existante

Les auteurs utilisent le terme de "cellule de synthèse" pour une cellule contrôlée par un génome assemblé à partir de pièces d'ADN synthétisé de manière chimique, même si le cytoplasme de la cellule hôte initiale n'est pas lui d'origine synthétique. Nous pouvons donc dire que stricto-sensu, ces chercheurs n’ont pas créé la vie puisqu'ils ont utilisé une cellule pré-existante (membranes, cytoplasme, ribosome, protéines chaperons etc...). Si l'on compare la cellule à un ordinateur, ils ont changé le disque dur (nouveau chromosome) et y ont mis un nouveau système d'exploitation (le nouveau génome). Toutefois, comme la vie a la propriété intéressante de se répliquer, ce nouvel ordinateur est aussi une usine à fabriquer de nouveaux ordinateurs. En quelques cycles, le nouvel ordinateur n'a plus aucune pièce d'origine : nouveau boîtier (membrane), nouveau lecteur de dvd (ribosome, arn polymerase), etc ...

Un petite bactérie pour l'homme, une grande bactérie pour l'humanité

Nous sommes bien devant un changement indéniable : l'information génétique portée par cette bactérie n'a pas une origine héréditaire : elle est entièrement issue d'un ordinateur. La biologie de synthèse apporte un changement de paradigme : "comprendre en construisant, inférer pour construire, construire pour comprendre. La rupture est complète avec la démarche déductiviste, amont fondamental versus aval appliqué, académie versus atelier, lauriers versus cambouis." (Ph Marlière).

Les prochaines étapes

Le génome synthétique de Synthia est de 1 Mb. La prochaine étape sera de concevoir un organisme d'environ 2 Mb, taille permettant d'avoir un génome adapté à des applications en biotechnologies adaptées aux défis que l'humanité doit relever : cellules produisant du biocarburant de nouvelle génération à partir de biomasse non alimentaire, voire de milieux minéraux ; cellules pouvant dépolluler les sols ; cellules capables de fabriquer des médicaments ...

Le prochain défi se situe surtout dans le design rationnel de ces organismes de synthèse. En effet, le génome qu'ils ont fabriqué est la copie d'un génome existant, avec quelques modifications (erreur de synthèse, site de construction, filigrame d'identification). Demain, nous aurons besoin d'être capables de synthétiser des génomes dont la séquence répondra spécifiquement à nos besoins. Un des défis majeurs sera de sécuriser ces organismes de synthèse : après les OGM, organismes génétiquement modifiés, nous allons assister au développement d "OGS", organismes génétiquement sécurisés.

Une technologie duale

La maîtrise des technologies de synthèse, d'assemblage et de transfert, pourra conduire à des applications bénéfiques, mais son utilisation peut également être détournée dans le cas du bioterrorisme. Le Président Obama a demandé que soit faite une étude précise des impacts sociétaux de cette technologie naissante. En Europe, plusieurs rapports et études ont déjà été menés à destination des politiques et des scientifiques.

Annexe 1: Définition de la biologie de synthèse

La biologie synthétique est un nouveau champ de recherches au sein duquel des scientifiques et des ingénieurs cherchent à modifier des organismes existants en créant et synthétisant des gènes ou protéines artificiels, des voies métaboliques ou développementales et des systèmes biologiques complets pour comprendre les mécanismes moléculaires de base des organismes biologiques et exécuter de nouvelles fonctions utiles. Elle se base sur des technologies combinant le séquençage et la synthèse d'ADN, la microfluidique, les bioréacteurs et l'informatique, et sur des méthodologies d'ingénierie (abstraction, modularisation, standardisation et modélisation).

Annexe 2 : Formation

Les étudiants français ont eu l'occasion de se frotter à la biologie de synthèse via la compétition internationale iGEM et ont remporté en 2007, le prix de recherche fondamentale et en 2009, le prix de l'étique. En France, il existe 2 formations de niveau master proposant une spécialisation en biologie de synthèse (Master aIv - http://www.aiv-paris.org/fr/m1-cours-aiv/ ; Master mSSB http://www.mssb.fr/)

Références

Illustration de Sumitta Samair

1. [EN] Daniel G. Gibson et al., “Creation of a Bacterial Cell Controlled by a Chemically Synthesized Genome” Science (Mai 20, 2010): science.1190719.

2. [EN] Daniel G Gibson, “Synthesis of DNA fragments in yeast by one-step assembly of overlapping oligonucleotides” Nucleic Acids Research 37, n°. 20 (Novembre 2009): 6984-6990.

3. [EN] Daniel G Gibson et al., “Enzymatic assembly of DNA molecules up to several hundred kilobases” Nature Methods 6, n°. 5 (Mai 2009): 343-345.

4. [EN] Synbiosafe, Safety and Ethical Aspects of Synthetic Biology http://www.synbiosafe.eu/

5. [FR] Quel business model pour la biologie synthétique ?, François Le Fèvre http://biocamp.blogspot.com/2008/10/quel-business-model-pour-la-biologie.html

6. [FR] Avis sur l'éthique de la biologie synthétique : http://ec.europa.eu/european_group_ethics/docs/press_release_opinion_25_fr.pdf

7. [FR] Cycle sur la Biologie de synthèse : http://www.vivagora.org/spip.php?rubrique70

8. [FR] iGEM Le Monde, novembre 2009, Un gène éthique qui vaut de l'or

9. [FR] L'équipe parisienne: http://www.igem-paris.org/

10. [FR] Discusion entre

a. contre synthétique, Hervé Le Crosnier, "Ne pas ouvrir la boîte de Pandore de la biologie synthétique", (mai 2010): Vivagora http://www.vivagora.org/spip.php?article705

b. pro synthétique, Philippe Marlière “Prométhée, Pandore et Pétri”, (mai 2010): Vivagora http://www.vivagora.org/spip.php?article706

Here we are : the first Synthetic Bacteria

2010-05-20T01:22:00.000-07:00

"A small bacteria for the man, a big organism for the humanity "
François Le Fèvre

After many years of effort, a team of J. Craig Venter institute lead by J. Craig Venter ad Daniel G. Gibson succed in creating the first bacterial cell controlled by achemical syntheised Genome.

Official paper : Creation of a Bacterial Cell Controlled by a Chemically Synthesized Genome . Gibson et al. May 2010 (link at the end of the post)

L'équipe de craig venter a réussi à :

synthétiser un chromosome bactérien biochimiquement

le transferer au sein d'une bactérie hôte ayant un chromosme natif

puis à selectionner une bactérie contenant uniquement le chromsome synthétique

cette bactérie a bien entendu toutes les fonctionnalités d'une bactérie normale : réplication, transcription, traduction, communication avec l'environnement...

certes, cette réalisation n'a été rendu possible que grâce à la pré-existence d'une bactérie mais l'exploit est toute fois là.

pour moi, l'humanité a réalisé un bond aussi important que lors de la colonisation de l'espace et de notre satelitte proche, la Lune. Nous avons démontré que nous pouvions le faire, maintenant, il s'agit de viser Mars, ou de créer un organisme synthétique ayant des proprités novatrices pour régler des problèmes inhérent à notre mode de développement sur la Terre.

la plateforme mise en place par les américains pour arriver à ce résultat représente l'avenir.
l'impact en terme de biosécurité/biosureté est important.
"At the moment, the techniques employed by Venter's team aretoo difficult to appeal to any potential bioterrorists, researchersstress [...] Over the long term, the approach will be used to synthesizeincreasingly novel designed genomes"

Links :

Press http://www.guardian.co.uk/science/2010/may/20/craig-venter-synthetic-life-form |
Science paper, Creation of a Bacterial Cell Controlled by a Chemically Synthesized Genome : http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/science.1190719 |
Science paper, Synthetic Genome Brings New Life to Bacterium http://www.sciencemag.org/cgi/content/summary/328/5981/958
Obama letter : http://news.sciencemag.org/scienceinsider/assets/2010/05/20/Gutmann.pdf
AFP http://www.google.com/hostednews/afp/article/ALeqM5gpj6fCRhuZKNVmuj64NMpVK6n2PA

Wave with synthetic bacteria

2010-01-24T08:56:00.000-08:00

Please find here a video on a population of bacteria that have been engineered to fluores synchronously.

By synchronising our clocks, we can coordinate our activities with people around the world. Now, scientists have engineered bacteria to synchronise their molecular timekeepers, creating the stunning fluorescent waves you see in this video. Hear more about synthetic biology on the Nature Podcast (http://www.nature.com/nature/podcast) or read the original research here:http://dx.doi.org/10.1038/nature08753

Victor et Neurospin CEA

2009-11-18T11:43:00.001-08:00

Après plusieurs reports, nous avons enfin pu aller à notre rendez-vous à Neurospin au CEA de Saclay.

Victor après avoir été équipé d'un filet contenant de petites électrodes, est rentré avec pascale dans une pièce (type cage de faraday).

Dans cette expérience, Victor regarde un écran surlequel defile des bustes de personnes qui émettent des sons "A-A-A-I" ou "A-A-A-A", le but est de savoir si le nourrisson est capable d'intégrer ou non des règles meme si celui-ci n'a pas encore développé les aires du language.

Nous avons été reçu par une équipe très compétente tant sur le plan médical, scientifique qu'humain.

Ce fut une expérience très enrichissante.

Link : http://www-dsv.cea.fr/neurospin/ |

iGEM : grand succès pour l'équipe Paris

2009-11-05T08:13:00.000-08:00

Un rapide debrieffing pour ceux qui n'étaient pas présent sur place.
iGEM est un concours de biologie synthétique organisé par le MIT depuis 2004. Cette année, plus de 26 pays étaient représentés, et plus de 1100 personnes présentes au Jamboree au MIT du 3à octobre au 2 novembre.
L'équipe iGEM Paris, n'a pas été finaliste cette année, malgré un excellent projet "Message in a bubble". Seules des équipes européennes ont été nommées finalistes ! c'est une claque à l'Asie et à l'amérique !

Pour notre part, nous avons toutefois reçu une médaille d'or qui valide un
certains nombres de points (site web, poster, conception de biobrick à la
paillasse, caractérisation etc ... : voir ici pour les critères
http://2009.igem.org/Judging/Judging_Criteria )

Nous avons également eu le prix spécial "Best Human Practices Advance" grace à un excellent travail des étudiants et de Sara Aguiton sous la
forme d'entretien individuel, de scéances pléinières et d'un rapport final
disponible ici : http://www.igem-paris.org/igem2009/TeamParis-SynthEthics.pdf

Best Human Practices Advance price for iGEM Paris team
The iGEM PARIS team won a special price for its works on ethics and Synthetic Biology.
Please find all details on the report of Sara Aguiton : http://www.igem-paris.org/igem2009/TeamParis-SynthEthics.pdf
Issues? We've got issues! How will you sell your project if you have to
give away the parts? What does your family think about your genetic
engineering dreams? Will the world be a safe place if we make biology easy
to engineer? How do the lessons of the past inform everybody's discussion
going forward? Find a new way to help human civilization consider, guide,
and address the impacts of ongoing advances in biotechnology.

Equipe Paris avec l'équipe de Pekin PKU | L'équipe parisienne défendant son projet devant un jury au MIT.

Links : Results http://2009.igem.org/Main_Page | PKU http://2009.igem.org/Team:PKU_Beijing | iGEM web site http://www.igem-paris.org/igem2009

Sixth Sense

2009-08-27T00:22:00.000-07:00

Une nouvelle interface homme-machine faisant appel à des technologies communes pour un budget inférieur à $400.

Pranav Mistry est quelqu'un à suivre de près !

Je vous invite à voir la video suivante :

Links : http://www.pranavmistry.com/

Terre TV et Krach écologique 2030

2009-08-12T00:13:00.000-07:00

Je viens de décourvir par hasard via les podcast de l'ipod de ma femme, le site "terre tv", la 1ère Web Tv sur le développement durable.

Je vous invite à consulter les nombreuses interview d'experts, de non-expert / citoyens du monde ...

Je voulais focaliser sur l'interview de Geneviève Ferone, directrice du développement durable chez Veolia. L'exposé est simple, claire, précis concernant les enjeux que "nous" devons tous relever ensemble.

Links : Terre TV http://www.terre.tv/ | Veolia http://www.developpement-durable.veolia.com/fr/ | Interview en grand http://www.terre.tv/#/fr/developpement-durable/entretien/2190_2030-le-krach-ecologique

Diminution drastique des couts de séquençage

2009-08-11T02:23:00.000-07:00

Les coûts du séquençage humain ont évolué très rapidement dernièrement. Voici un petit historique :

2003 : trois milliards de dollars : x équipes : projet international
2007 : 1 millions de dollars : 3 mois : techno 454 Life Sciences
2008 : 250 000 dollars : 200 personnes
2009 : 50 000 dollars : techno Helicos

quelques citations:

"This is the first demonstration that you don't need a genome center to sequence a human genome," said Stephen Quake, PhD, professor of bioengineering.

"Une tâche qui coûtait autant qu'un Boeing 747, ne coûte plus que le prix moyen d'une voiture haut de gamme" et ne nécessite plus que deux personnes

Tableau comparatif des couts de séquençage en fonction des technologies.
@prendre avec des pincettes car issu de la société Helicos.

Links : helicos | afp | Stephen Quake |

Special review on System & Synthetic Biology

2009-08-11T01:29:00.001-07:00

Le numéro de aout 2009 de Nature EMBO Reports est consacré entièrement à la biologie des systemes ( Systems Biology) et à la biologie de synthèse (Synthetic Biology).

Je vais compléter ce blog en vous donnant un court résumé pour chacun de ces articles.

Systems biology and the virtual physiological human
Peter Kohl & Denis Noble

Molecular Systems Biology 5, Article number: 292 (2009).
doi:10.1038/msb.2009.51
science and society
On the origin of systems. Systems biology, synthetic biology and the origin of life.

David Deamer

EMBO reports 10, S1, S1–S4 (2009).
doi:10.1038/embor.2009.117
Making the most of synthetic biology. Strategies for synthetic biology development in Europe.

Sibylle Gaisser, Thomas Reiss, Astrid Lunkes, Kristian M Müller & Hubert Bernauer

EMBO reports 10, S1, S5–S8 (2009).
doi:10.1038/embor.2009.118
Who will take up the gauntlet? Challenges and opportunities for systems biology and drug discovery.

Adriano M Henney

EMBO reports 10, S1, S9–S13 (2009).
doi:10.1038/embor.2009.132
Synthetic biology and patents. A European perspective.

Berthold Rutz

EMBO reports 10, S1, S14–S17 (2009).
doi:10.1038/embor.2009.131
Upstream engagement and the governance of science. The shadow of the genetically modified crops experience in Europe.

Joyce Tait

EMBO reports 10, S1, S18–S22 (2009).
doi:10.1038/embor.2009.138
Synthetic biology and biosecurity. From low levels of awareness to a comprehensive strategy.

Alexander Kelle

EMBO reports 10, S1, S23–S27 (2009).
doi:10.1038/embor.2009.119
Goethe's dream. Challenges and opportunities for synthetic biology.

Andrés Moya, Natalio Krasnogor, Juli Peretó & Amparo Latorre

EMBO reports 10, S1, S28–S32 (2009).
doi:10.1038/embor.2009.120
The challenging biology of transients. A view from the perspective of autonomy.

Arantza Etxeberria & Kepa Ruiz-Mirazo

EMBO reports 10, S1, S33–S36 (2009).
doi:10.1038/embor.2009.154
Biology and the systems view. Is there a move towards systems approaches in the life sciences?

Bettina Bock von Wülfingen

EMBO reports 10, S1, S37–S41 (2009).
doi:10.1038/embor.2009.124
Paradigm shifts versus fashion shifts? Systems and synthetic biology as new epistemic entities in understanding and making 'life'.

Thomas Potthast

EMBO reports 10, S1, S42–S45 (2009).
doi:10.1038/embor.2009.130
Calculating life? A sociological perspective on systems biology.

Jane Calvert & Joan H Fujimura

EMBO reports 10, S1, S46–S49 (2009).
doi:10.1038/embor.2009.151
A new revolution? The place of systems biology and synthetic biology in the history of biology.

Michel Morange

EMBO reports 10, S1, S50–S53 (2009).
doi:10.1038/embor.2009.156

Links : http://www.nature.com/embor/journal/v10/n1s/index.html |

Programming cells by multiplex genome engineering and accelerated evolution

2009-08-05T05:24:00.000-07:00

Une étape importante vient d'être décrite dans la revue Nature : une méthode pour "ingénierer " et faire évoluer en parrallèle de multiples cellules. : multiplex automated genome engineering (MAGE).

Programming cells by multiplex genome engineering and accelerated evolution
Harris H. Wang, Farren J. Isaacs, Peter A. Carr, Zachary Z. Sun, George Xu, Craig R. Forest & George M. Church
Nature advance online publication 26 July 2009
doi:10.1038/nature08187

Links : Nature http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature08187.html |

Lectures from George Church and Craig Venter

2009-08-05T00:38:00.001-07:00

Le 24 juillet 2009, un petit groupe de scinetifique, d'entrepreuneur, de journalist et d'architectes d'entreprise leader (Microsoft, Google, Facebook, PayPal), sont arrivés à l' Andaz Hotel (Hollywood), pour suivre une série de conférence de la part de George Church et Venter, sur les sujets suivant:

What is life, origins of life, in vitro synthetic life, mirror-life, metabolic engineering for hydrocarbons & pharmaceuticals, computational tools, electronic-biological interfaces, nanotech-molecular-manufacturing, biosensors, accelerated lab evolution, engineered personal stem cells, multi-virus-resistant cells, humanized-mice, bringing back extinct species, safety/security policy.

"We can program these cells as if they were an extension of the computer," George Church

Le site propose les différentes video de ces cours que je vous invite à voir.

Links : http://www.edge.org/3rd_culture/church_venter09/church_venter09_index.html | http://fr.wikipedia.org/wiki/Aldous_Huxley

La première d'entre elle:

Click to play

Decoding synthetic biology

2009-07-29T05:44:00.000-07:00

Voici 2 vidéos interessantes expliquant les bases de la biogie synthétique à travers l'interview de Drew Endy ou encore J. Keasling.

Imagine living cells acting as memory devices; biofuels brewing from yeast, or a light receptor taken from algae that makes photographs on a plate of bacteria. With the new science of synthetic biology, the goal is to make biology easier to engineer so that new functions can be derived from living systems. Find out the tools that Bay Area synthetic biologists are using and the exciting things they are building.

QUEST on KQED Public Media.

Links : Decoding Synthetic Biology | webExtra |

Blog and Twitter wordle

2009-07-21T00:22:00.000-07:00

Source : image from http://www.wordle.net/. Images of Wordles are licensed Creative Commons License.
Twitter : http://twitter.com/biosynthetic
Links : Wordle | TweetStats | christophermingryan.typepad.com |

Solazyme a levé $76 millions pour le biodiesel à base d'algue

2009-07-17T05:25:00.000-07:00

La start-up californienne solazyme vient de finir de lever 76 millions de dollars pour commercialiser le biodiesel obtenue à partir d'algue.

Cette SynBioTech utilise des algues marines synthétiques qui lui produisent du biodiesel à partir de biomasse, de produits industriels de type déchets, incluant du matériel cellulosic et du glyercol.
Ce biocarburant est dit de 4 ième génération.

Links : Solazyme |
Source : BioFuel international June 2009

H1N1 and London workshop

2009-06-29T04:54:00.000-07:00

CONTEXTE
De retour après un intensif workshop à Londres pour la compétition iGEM (Vendredi/Samedi/Dimanche 21 juin), j'ai manifesté quelques signes grippaux le Mardi 23 juin: température, maux de tête et courbatures au dos.
Ma femme étant enceinte, j'ai voulu savoir quels étaient les risques potentiels et ai donc téléphoné à un médecin de ma commune; ce dernier, selon le protocole alors en vigueur, m'a redirigé vers le Samu. Une fois cette étape franchie, il me fut impossible revenir en arrière.

BUTS
Voici en quelques lignes la succession des événements. Le présent document n'a pas vocation à incriminer qui que ce soit, ce sont juste des faits pour mettre en évidence certaines lacunes, qui, dans le cadre d'une pseudo grippe H1N1, n'ont pas eu de conséquences, mais qui dans le cadre d'un problème plus important (menaces NRBC) auraient pu avoir un impact non négligeable. Les points qui méritent un rapport interne sont les suivants:

de coordination entre les différents acteurs (pompiers, SAMU, DASS, hôpital)
d'homogénéité dans le suivi des procédures

ECHANGES TELEPHONIQUES
Après un échange téléphonique avec l'équipe du SAMU, les médecins m'ont demandé de rentrer chez moi pour prendre ma température. Ils ont en effet estimé que j'étais effectivement susceptible d'être infecté par le virus H1N1 en raison de mes symptômes et du fait de mon séjour à Londres auprès de différents représentants européens. Je me suis donc exécuté, j'ai pris ma température (39°1C), et les ai contactés à nouveau. Entre temps, ils avaient perdu mon dossier ouvert 40 mn auparavant. Le médecin a donc rouvert un second dossier, et rentré les nouvelles données (température). Il m'a demandé 20 mn pour se coordonner et décider de la procédure à engager.
Pendant ce temps, une autre équipe m'a contacté; cette fois-ci , il s'agissait une personne de la DASS qui m'a demandé de tout lui expliquer à nouveau. Elle m'a demandé par deux fois d'avoir les coordonnées des personnes de mon entreprise ayant été en contact avec moi et surtout les coordonnées et identités des 50 personnes ayant assisté au workshop. Ce que j'ai refusé tant que il n'était pas prouvé que j'avais H1N1.
Après cet échange, j'ai eu à nouveau le SAMU, qui m'a indiqué :

pris la décision de me classer dans la catégorie "suspicion de H1N1",
envoyé à mon domicile une équipe de pompiers,
avoir déclaré ma femme et ma fille "cas contact 1", et qu'elles devaient être confinées dans l'attente des résultats

LES POMPIERS
Les pompiers ont débarqué chez moi en tenue de sécurité (voir la photo). L'équipe était composée de deux pompiers en tenu "bio" ainsi que d'un troisième en tenue normale qui était en charge de la conduite du camion. Tout d'abord, il s'est avéré que les pompiers n'avaient pas de moyens de communication entre eux, puisque par 3 fois ils ont passé des coups de téléphone avec leur QG et l'hôpital via mon portable. Ils ont également rencontré la difficulté suivante: ils ne pouvaient rien sortir de chez moi : ils avaient pris quelques notes sur un papier à mon domicile (identité,âge, adresse) qu'ils ont dû abandonner chez moi, après avoir dû mémoriser mes identifiants.
La sortie de mon appartement devant le voisinage a été dure! Encadré par 2 pompiers en tenue de sécurité biologique, moi-même équipé d'un masque et de gants, j'ai été conduit à la camionnette. Nous avons pu échanger quelques mots tout au long du "voyage". Ils m'ont informé que grâce à la parution de circulaires (départementales, puis nationales), ils ont obtenu l'autorisation de ne porter que leur tenue légère de pompier en dessous de leur tenue de sécurité biologique. La directive départementale stipulait en effet initialement que les pompiers devaient être en tenue complète en dessous, ce qui a été annulé par la directive nationale. Une chance, car en raison de la température, les pompiers souffraient énormément de la chaleur. Une directive interne leur a permis également d'ouvrir les 2 fenêtres équipant le camion.
Quelques mots sur le camion. Il semble que le dispositif mis en place était composé d'un unique camion. Tous les équipements internes étaient "bâchés" avec un film transparent. Les pompiers se sont posés la question suivante: "Que se passe-t-il si nous avons un accrochage à Paris? peut-on ou non quitter le camion? Existe-t-il un autre camion?"

L'HÔPITAL
Peu avant notre arrivée à l'hôpital de la Pitié-Salpêtrière, les pompiers, grâce à mon téléphone personnel, ont prévenu le SAMU/l'hôpital de leur arrivée. Nous nous sommes donc arrêtés devant le service des maladies infectieuses. Le pompier conducteur est descendu et a essayé de joindre quelqu'un grâce à l'interphone du bâtiment. Après 5 bonnes minutes de re-tranfert d'interphone, nous avons pu descendre. Nous avons été accueillis par une infirmière qui portait des gants mais pas de masque! Les pompiers furent étonnés. Nous avons pris un ascenseur et nous furent cette fois-ci accueillis par un membre du personnel médical sans gants ni masque. Celle-ci nous a gentiment dit qu'elle ne voulait pas de nous: il était en effet 18h30 et, depuis la veille, la procédure sipulait qu'à partir de 18h, les cas H1N1 devaient être admis aux urgences directement. Les pompiers ont trouvé cela très étonnant, car on leur avait précisément dit de se présenter au bâtiment des maladies infectieuses. Nous étions donc au mauvais service.
Nous avons donc regagné le camion, pour atteindre les urgences. Nous sommes à nouveau descendus du camion, avons débarqué par le hall principal dans le service des urgences, et grimpé dans la cage d'escalier devant des personnes médusées de nous voir ainsi vêtus! Malheureusement, arrivés à l'étage, il n'y avait personne. Les pompiers étaient désemparés devant tant d'erreurs, d'approximations. Au bout d'une minute, un infirmer est arrivé pour nous dire que nous nous étions trompés de direction : nous avons redescendu l'escalier et gagné un autre sas au rez-de-chaussée pour arriver aux urgences. J'ai dès lors été pris en charge par l'équipe des urgences et les pompiers m'ont quitté.
J'ai tout d'abord été invité à rejoindre un box où une jeune femme présentait les mêmes symptômes. Au bout d'une vingtaine de minutes, on m'a fait changer de box pour aller cette fois-ci avec un homme. Je n'ai pu obtenir aucune indication de la part de l'équipe médicale concernant la suite de la procédure. (NB: même si nous sommes aux urgences, cela ne coûte pas grand chose de dire: "Monsieur, vous avez été admis pour une suspicion de H1N1, un médecin va passer pour faire un diagnostic, un prélèvement sera également effectué" ).
Ce qui m'a frappé en arrivant dans le second box, c'est un qu'un membre du personnel médical a retiré son masque pour parler avec le téléphone portable du patient pour informer sa famille de certains éléments. Or il a été décrit dans de nombreux articles médicaux que les téléphones portables sont des nids à microbes/virus! Ensuite, il s'avère que les différentes personnes médicales qui ont été en contact avec moi n'étaient pas toutes équipées de la même manière : certaines portaient juste des gants (prise de tension), d'autres portaient gants et masque et enfin d'autres arboraient gants, masque et blouse spécifique.
Après un temps certain, un médecin est venu m'examiner. Puis une autre personne est venue pour me faire un double prélèvement; celle-ci m'a clairement indiqué qu'elle venait juste d'être formée à cette technique de prélèvement. Le prélèvement consiste en une longue spatule fine enfoncée par une narine au fond du nez ou plus bas (longueur approximative 15 cm). Cette opération est donc réalisée deux fois,, ce qui est fort désagréable comme sensation. La personne m'a indiqué qu'ensuite il fallait attendre le résultat (24h) et que je devais donc attendre sur place. Je me suis offusqué de la chose: personne ne m'avait mentionné ce fait auparavant.

LE RETOUR
J'ai attendu une petite heure encore avant qu'un autre médecin m'informe que je pouvais rentrer chez moi, si possible pas en transport en commun ! Il m'ont donné du tamiflu ( molécule active : oseltamivir ) et des masques pour moi et ma femme. Pas assez au regard de la mesure de confinement de 24h, en effet les masques ne protègent que pendant 4h grand maximum (après ils sont trop humides). Ils ont appelé un taxi, qui a accepté de me prendre en charge malgré la suspicion de H1N1. Pour rappel mon statut médical n'avait pas changé entre l'aller et le retour : mon cas était toujours considéré comme une "suspicion de H1N1", mais à l'aller j'ai été pris en charge par des pompiers en tenue bio et par un camion spécialement équipé, alors qu'au retour j'ai été pris en charge par un simple taxi... Le chauffeur a donc revêtu un masque, et nous avons laissé ouvertes les fenêtres sur tout le trajet afin établir un flux laminaire de l'avant vers l'arrière.

L'ATTENTE DES RÉSULTATS
Nous avons donc patienté avec ma femme enceinte et ma fille tout le lendemain chez nous. Les résultats étaient censés nous être communiqués à 18h. 18h sonne, pas de nouvelles; 19h sonne et toujours pas d'appel. Au final je me décide à joindre l'hôpital pour avoir les résultats : au standard, on me passe l'équipe des maladies infectieuses, mais ceux-ci n'ont pas mon dossier. Rappelez-vous il était plus de 18h... On m'a alors redirigé vers les urgences. Là il a fallu beaucoup de temps avant de trouver mon dossier, pour au final m'entendre dire que le test n'était pas concluant : ni positif, ni négatif pour cause de "prélèvement non conforme". Je devais donc continuer à prendre le tamiflu. Aucune autre indication ne m'a été fournie quant à la poursuite du confinement. Que faire dans ce cas là: rester confiner un temps indéterminé ou reprendre une vie "normale" pour ma femme et ma fille notamment qui ne présentaient aucun symptôme? et bien sûr mon épouse devait se rendre à son travail, ne pouvant rester confinée plus longtemps sans plus de justification.
Le lendemain, un autre médecin m'a finalement laissé un message sur mon répondeur vers 19h pour me dire que finalement le test était négatif (le prélèvement "non conforme" serait-il finalement devenu "conforme"?) et que je n''avais pas H1N1. La fièvre et les courbatures étaient finies pour ainsi dire depuis 14h. J'ai donc arrêté le traitement.
Le surlendemain, j'ai été à nouveau contacté par quelqu'un du SAMU. Celui-ci m'a demandé ce qu'il en était : il ne savait en effet pas si les pompiers étaient venus ou non me chercher, si j'avais été conduit à un hôpital, et surtout quel avait été le résultat des prélèvements. Il n'avait aucune trace dans mon dossier... Il s'est excusé plusieurs fois pour ce manque flagrant de coordination.

EPILOGUE
Je ne me positionne pas quant à la nécessité ou pas de suivre la procédure décrite (je ne suis pas expert), je voulais juste montrer que de nombreux éléments peuvent être améliorés.
Tant de déploiement pour une petite grippette. Ce fut une expérience inoubliable de la découverte des méandres de l'organisation en charge de la réponse à H1N1.

Links : wikipedia | http://www.pandemicflu.gov/ | Oseltamivir | iGEM | Pasteur |

iGEM London workshop

2009-06-21T06:17:00.000-07:00

Après ma courte expérience iGEM en 2007 en tant qu'"advisor", j'ai décidé cette année de rejoindre l'équipe iGEM Paris 2009, en tant qu'instructeur.
Pour rappel, IGEM est une compétition internationale de design de machines génétiques. Le principe est de constituée une équipe d'étudiants de niveau L1 à M2, très motivés.
Apres une préiode de brainsorming, les étudiants sélectionnent un projet dont le but est de réaliser une bactérie ingénieriée qui soit capable de réaliser une fonction (Biosensor, Biormediation). Les étudiants réaliseront ce projet à travers la conception, le design, et la synthèse de BioBricks. Il semblerait qu'il y ait 3 équipes françaises cette anne année : Strasbourg, SupBiotech et Paris, qui est regroupement d'étudiants de différentes universités et grandes écoles françaises.

Je participe en ce moment au workshop à Londres : "Teach to the teacher", je suis accompagné par Guillaume , instructeur à la paillasse et par 3 étudiants, Sylvain, Luc et Christophe Chabbert. Notre week-end a consisté au suivi de différents tutoriaux, de discussions avec les autres équipes. Les équipes sont nombreuses cette année, et c'est sûrement la dernière année que la compétition est organisée dans ce format, d'apres randy Randy Rettberg, fondateur de la compétition.

The International Genetically Engineered Machine competition (iGEM) is the premiere undergraduate Synthetic Biology competition. Student teams are given a kit of biological parts at the beginning of the summer from the Registry of Standard Biological Parts. Working at their own schools over the summer, they use these parts and new parts of their own design to build biological systems and operate them in living cells. This project design and competition format is an exceptionally motivating and effective teaching method.

Links : http://2009.igem.org/ | http://partsregistry.org/ | http://www.igem-paris.org |

TOWARD SAFE GENETICALLY MODIFIED ORGANISMS

2009-06-07T11:07:00.000-07:00

Dans un article à paraître chez Chemistry & Biodiversity, Philippe Marlière et Piet Herdewijn proposent un framework pour développer des organismes modifiés génétiquement sécurisés.

Il existe 3 types de confinement: physique, sémantique ou trophique. L'originalité de l'approche développée par les 2 auteurs consiste à utiliser conjointement 2 types de confinement en simultané: sémantique et trophique. En effet, ils proposent d'utiliser des xeno-nucleic acids (XNA) en bonne et due place de l'ADN. La différence tient dans le squelette carboné qui ne serait ni un deoxyribose ni un ribose. A terme, les chercheurs envisagent non seulement de changer le squellette mais aussi d'introduire de nouvelles bases nucléiques. Pour cela, les OGM sécurisés ou OGS (GSO, Geneticaly Safe Organism) seraient équipés d'une machinerie dédiée pour la polymérisation de ces acides xéno-nucleiques, aboutissant à un confinement sémantique. Ces XNA seraient fournis aux GSO, qui ne seraient donc pas en mesure de les synthétiser eux-même, conduisant à un confinement trophique.

Ce double confinement constituerait une enclave génétique permettant le développement d'OGM surs ou sécurisés.
Ce framework, s'il est adopté par l'Europe, pourrait être une réponse aux développements actuels de la biotechnologie américaine menée entre autre par Craig Venter.

@lire dans le numéro de juin

Lien : Isthmus | XNA | ChemBioDiv |

CycSim - an online tool for exploring and experimenting with genome-scale metabolic models

2009-05-06T16:30:00.000-07:00

Je vous annonce la publication dans Bioinformatics du mois de mai 2009 d'un article relatif à la plateforme web CycSIM.
Grâce à une interface simple, l'utilisateur peut :

sélectionner un model mathématique du métabolisme d'organismes modèles (Escherichia coli, Acinetobacter balyi et Saccharomyces cerevisae),
lui appliquer des perturbations (deletion simple ou multiple de gènes)
simuler un environnement de croissance (une centaine de milieu)
verifier sa capacité à produire les métabolites essentiels de sa biomasse sous cette ensemble de condition!

Venez-faire votre mutant et tester votre milieu préféré : http://www.genoscope.cns.fr/cycsim/

CycSim is a web application dedicated to in silicoexperiments with genome-scale metabolic models coupled to theexploration of knowledge from BioCyc and KEGG. Specifically,CycSim supports the design of knockout experiments: simulationof growth phenotypes of single or multiple gene deletions mutantson specified media, comparison of these predictions with experimentalphenotypes, and direct visualization of both on metabolic maps.The web interface is designed for simplicity, putting constraint-basedmodelling techniques within easier reach of biologists. CycSimalso functions as an online repository of genome-scale metabolicmodels.

Lien : Genoscope | Bioinformatics | CycSIM

Empreinte énergétique de Google

2009-01-12T09:00:00.001-08:00

Selon le Times, le physicien de l'Université de Harvard Alex Wissner-Gross a calculé que 2 requètes Google généraient 14 grammes de CO2, soit l'équivalent de l'empreinte carbone d'une bouilloire en ébullition (15g).

Quelques jours, plus tard une polémique fait rage. Il semblerait que les propos du physicien n'est pas été bien transcrit.

La question des économies d'énergies concerne l'ensemble des infrastructures de nouvelles technologies. Ce n'est pas un problème spécifique à Google.

De plus, Google réfute les calculs en proposant que chaque recherche effectuée dans son moteur génère 0,2 gramme de dioxyde de carbone! La différence entre les 2 approches a un réel impact : 200 millions de recherches sont effectuées chaque jour via Google, qui produirait selon l'auteur 1 400 tonnes de dioxyde de carbone, contre 40 tonnes.
Ce chiffre grimpe également si l'on considère ou non que l'ordinateur est démarré pour la recherche: on passe ainsi à 10 grammes pour 15 minutes d'utilisation.

Il est important de noter que Google a une approche verte:

en 2007 création du Climate Savers Computing Initiative. Ce consortium à but non lucratif a comme objectif de réduire de moitié l'énergie consommée par les ordinateurs d'ici 2010, ce qui permettrait de réduire la production de dioxyde carbone de 54 millions de tonnes par année.
en 2008, Google.org a investit $45 million dans les énergies vertes et a développé tout un pan de recherche sur la réduction des couts énergétiques (RE).
de plus il semblerait que Google est développé un serveur des moins coûteux en énergie.

En 2008 la consommation énergétique de google serait donc de 2.456 TWH/an.
Une centrale nucléaire de type EPR produissant 1,6 TWH/an

Il convient de rappeler que la protection environnement et les économies d'énergie sont à envisager non seulement au niveau politique, industriel mais aussi au niveau individuel!
Donc :

n'oublier pas d'éteindre derrière vous
utiliser des ampoules à basses consommation
n'imprimer pas cette page!

Insitut pour les Biotech

2009-01-12T03:20:00.000-08:00

2010: Centre de développement et d'innovation en bioengineering CEDIB

Un nouveau centre va nâitre en val-de-Marne, ce centre devra être un lieu de rencontres interdisciplinaires qui permettra aux laboratoires de recherche et aux entreprises franciliennes de développer des produits innovants issus de leurs recherches dans les domaines de l’imagerie et de la bioanalyse

Links : ValMarne | ParisDeveloppement | PresentationPowerPoint | CreditPhoto © NIST

Inner life of the cell

2009-01-03T07:44:00.000-08:00

Une video extraordinaire sur les cellules. Ce film d'animation 3D montre ce qui se passe à l'intérieur de notre corps et plus spécifiquement à l'intérieur des cellules. Cela a révolutionné ma vision du monde cellulaire.

Here a beautiful vision of the Inner life of the cell. This video has been designed by a MIT team.

Links : | MIT Multimedia |

Premières Assises Européennes de l'Innovation

2008-12-15T02:04:00.001-08:00

A la Cité des sciences et de l'Industrie s'est tenu le mardi 9 décembre 2008, les Premières Assises Européennes de l'Innovation. Nicolas Sarkozy a développé dans un discours quelques points qui me semblent intéressant.

L'innovation c'est ce qui permet de passer de la science au progrès
L'Europe a la nécessité absolue, ce n'est pas un choix, c'est une nécessité, d'être le grand continent d'innovation.
Le système financier aux etats-Unis nous a menés dans le mur, mais leur système d'innovation a suscité des entreprises et des inventions absolument sans égales dans le monde
2004 : l'Europe a délivré 43% des diplômes en sciences / ingénierie dans l'OCDE contre 22% aux USA ; le plus de doctorant etc ...
MIAS si l'on regarde les indicateurs liésà l'innovation (dépôts de brevets, types de brevets, création d'entreprises), on nepeut pas nier l'évidence : L'Europe n'arrive aps à convertir la qualité de sa recherche en croissance.
Fuite des cerveaux, qui vont soutenir des pays concurrents
La base d'une innovation forte,c'est la recherche absolue de l'excellence de la recherche.
Pas de barrière entre recherche fondammentale et appliquée
Proposition: création d'une Académie européenne des sciences et des techniques: Une Seule pour les sciences dures + gestion, ingénierie et gestion
Triple mission d'évaluation : pour les prog. européenes, insititutions scientifiques et les universités
Simplifier les procédures d'attribution des financements européens de la recherche : je préfère que les chercherus travaillent sur des formules plutot que sur des formulaires.
Uniquement 6% des financements de la recherche provient de l'europe.
l'agenda de Lisbonne: faire de l'Union Européenne l'économie de la connaissance la plus attractive et la plus compétititve au monde d'ici 2010.
nouveau programme COPERNIC pour révolutionner la coopération européenne
Augmenter massivement l'activité de financement de l'innovation de la banque eurpéenne d'investissement.
le crédit impôt recherche à 30%
Cluster des nanotechnologies à Saclay
2009 l'année de eurpéenne de la créativité et de l'innovation
CNRS ne s'évaluera plus lui-me
La carte de l'innovation, la carte de la croissance vetrte et de la protection de l'environnement, la carte de la coordination de nos économies,la carte de nouvelles institutions en Europe : c'est une opportunité historique.

Links : Discours | Programme |

Diagnostique genetic MoT

2008-12-11T12:13:00.001-08:00

Demain, le test de diagnostique "genetic MoT" du professeur Alan Handyside du Bridge Center de London, pourrait permettre de diagnostiquer à partir du prélévement d'une cellule embryonnaire les prédispositions génétiques à plusieurs maladies (diabète, affection cardio-vasculaire ou neurodégénrative etc ...)
Ce test vendu 1500 Livres soulève beaucoup d'interrogation dans le "design" de l'enfant parfait. Il est envisageable de voir des femmes enceintes faire ce test et décider ou non d'avorter en focntion du profil génétique. Ce test est cours de validation en Grande-Bretagne, USA, belgique et en Espagne.
Dans un avenir proche, si nous etions capable de fabriquer plusieurs milliers d'ovules fécondés, nous pourrions ainsi "screener" génétiquement ces embryons pour sélectionner celui qui comporterait le "meilleur" profil génétique.
La question doit se poser ! Est ce que si la société dispose de cette technologie, doit-elle ou non l'utiliser à cette fin ? Personnellement en première réflexion, je pense que non, cette technologie devrait se cantonner à une utilisation permettant de sélectionner des embryons ayant le plus de chances de survivre dans le cas de problème de fertilité chez les parents, mais cela devrait se limiter à ce cas.
Par exemple, suite au séquençage du génome de James Watson (co-inventeur de l'ADN avec Francis Crick et Rosalind Franklin), plusieurs prédispositions génétiques ont été relevées. L'humanité aurait perdu à ne pas à avoir en son sein un tel génie, si son embryon avait été écarté suite à un screening gentique !

Links : Blog |

Nano commentaire sur les nanoparticlues

2008-12-09T02:00:00.000-08:00

Lors de l'exposition "La ville européenne de la science" au grand palais, un stand sur les nanotechnologies était tenu par l'INERIS, l'Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques.

Des nanoparticules pour un nanomonde.
Il existe des nanoparticules naturelles telles les nanostructures du lotus et du gecko conférant respectivement des qualités hydrophobes du matériau ou un pouvoir d'adhérence.
Certaines nanoparticules résultent de l'activité humaine : comme les particlues ultrafines issues de la combustion.
Enfin, il existe des nanoparticules dites manufacturées par l'homme qui entrent dans le champ d'application des nanotechnologies.

Quelques chiffres clés :

1 nanométre = 1 milliardième de mètre
1 nanomètre = 50 000 fois plus fin qu'un cheveu
1 nanomètre = 100 plus petit que la molécule d'ADN

Quelques missions de recherche de l'Ineris:

métrologie : caractérisation des propriétés physico-chimique, nombre et la morphologie des nanoparticlues
expologie : connaître les niveaux d'exposition d'une personne à une substance
toxicologie : évaluation de la toxicité des nanoparticules in-vitro, in-vivo et in silico
écotoxicologie : évaluation de l'écotoxicité des nanoparticules dans l'environnement, entre autre aquatique.

Une nano question :

Est ce que les nanotubes de carbone seront l'amiante du 21 ième siècle?

Links : Ineris | Europa Public Health | Wikipedia | dossier presse NanoSafe |

10 ans de la Genopole

2008-11-20T02:46:00.000-08:00

10 ans déjà dont 5 ans pour moi!
La Genopole d'Evry fête en ce mois de novembre 2008 ces 10 ans: 10 de recherche, d'exploration, d'innovation, de succès au service de la science, de l'homme et de l'environnement.
Je m'associe à cet évenement en particpant à la journée, "Le Gène, un concept en évolution". Notre équipe présentera un poster, intitulé : " Engineering biology with Genome Scale Models". N'hesitez à venir pour me poser des questions le mardi 25 novembre 2008 au Genocentre.

Constraint-based modeling is a framework simple and abstract enough to model metabolism at the cellular level. Constraint-based models are based on a stoichiometric representation of the whole-cell metabolism, together with a set of constraints on reaction fluxes. Reconstructed models of reference species have helped predict their physiological properties, characterize their biochemical conversion capabilities, build and assess evolutionary scenarios, and have also provided a sound basis for computer-assisted redesign of metabolism.
In this poster, we will first present how genome-scale constraint-based models can be built from genome annotation and iteratively refined by comparing their predictions with high-through put experimental data. We will illustrate this process with the model of Acinetobacter baylyi -- a soil bacterium of interest for environmental and biotechnological applications with large-spectrum biodegradation capabilities -- for which large-scale growth phenotypes of knockout mutant strains were recently measured. In a second part, we will provide an overview of their main applications in the purpose of biological discovery and metabolic engineering.

Congrès | GenoCentre |

Fête de la Science 2008

2008-11-11T02:34:00.000-08:00

Comme tous les ans, j'essaye de participer à la fête de la Science.

Je pense qu'il est essentiel pour un scientifique d'aller à la rencontre du public pour partager son travail, sa passion et susciter peut-être chez les jeunes une vocation pour tout ce qui touche à la science.

Cette année, je participe à une animation au Grand Palais, dans le cadre de la "Ville Européenne des Sciences". Je vais animer deux ateliers sur l'ADN, pour être plus précis l'atelier consiste à extraire de la banane de l'ADN afin de visualiser la "méduse". Cette atelier est ouvert aux enfants à partir de 8 ans. Je vous invite donc à venir sur le stand du CEA, en particulier le dimanche 16 novembre 2008.

Le Carrefour de la prévention
La Science et des technologies au service de notre sécurité
Le CEA propose un espace dédié à notre sécurité où seront présentées des applications technologiques destinées à la détection, à l'analyse ou à la surveillance. Des technologies déjà primées comme le portique de détection Euritrack ou le système de cartographie sismologique unique au monde du Centre Sismologique Euro-Méditerranéen. Une présentation inédite.

The Preventive Action Roundabout
Science and technology ensuring a secure environment
The CEA offers an area devoted to safety whith technological applications designed for detection, analysis or monitoring purposes .
An entirely new public demonstration of the fight against NRBC threats and technologies that have already received awards, such as Euritrack's overhead crane detector or the unique seismological mapping system from the Euro-Mediterranean Seismological Center.

Links: LaVilleEuropéenneDesSciences | CEA |

Theories et methodes de la conception innovante

2008-10-04T01:16:00.001-07:00

Dans le cadre de mon MBA, je me suis spécialisé en Management de projet et Gestion de l'innovation. Cette thématique m'a permis d'aborder entre autre tout ce qui concerne la théorie "Concept-Knowledge", avec Nat-Sy Missamou, nous avons réaliser une présentation que je vous invite à consulter :

Quel business model pour la biologie synthétique?

2008-10-02T06:44:00.000-07:00

Pour valider mon MBA (IAE Paris 1, Business School La Sorbonne), j'ai réalisé un court mémoire sur la biologie synthétique. Je vous invite à en prendre connaissance et à me soumettre des idées pour l'améliorer. Ce mémoire n'a pas prétention à être la référence du domaine, mais je pense qu'il peut servir de base à la construction d'une réflexion plus poussée.
Crédit photo : "Adventures in Synthetic Biology", by Drew Endy, Isadora Deese and the MIT Synthetic Biology Working Group, and illustrated by Chuck Wadey.

Téléchargement :
>>Synthia, quel business model pour la biologie synthétique?
(http://fhr.lefevre.googlepages.com/Synthia_quel_business_model.pdf )

Résumé :
La biologie synthétique est une nouvelle approche de la biologie qui vise à la synthèse et à l’ingénierie de composants et de systèmes biologiques nouveaux ou à la réingénierie d’éléments biologiques préexistants dans le but de créer des systèmes réalisant des fonctions utiles.
Ce mémoire, essentiellement réalisé à partir de recherches bibliographiques, a pour objectif de faire le point sur ce domaine, non pas en terme scientifique mais bien dans le cadre d’une approche de type « business ».
Le développement fulgurant de la biologie synthétique est à l’origine d’un nouveau marché et d’une redistribution des cartes, entre autres dans les secteurs de la biotechnologie, de l’énergie et de la pétrochimie. Le marché se caractérise ainsi par deux types d’entreprises que sont les Gene Foundries, qui synthétisent des gènes et des circuits génétiques à la demande, et les BioSynTechs, qui développent des microorganismes à partir de ces gènes synthétisés dans le but de produire des biocarburants, des médicaments ou des produits chimiques. Ces entreprises sont au cœur d’un tissu économique plus vaste qui intègre des acteurs académiques, comme les universités, et des acteurs privés tels que les industries agroalimentaire, pharmaceutique ou pétrochimique. Ce marché récent voit déjà le développement de stratégies classiques de partenariat et d’alliance, d’intégration verticale en amont et en aval.
La biologie synthétique pose de nombreuses questions quant à la propriété intellectuelle : comment favoriser les investissements dans l’innovation ? Différentes approches sont ainsi envisagées depuis la protection par brevet et droits d’auteur jusqu’à l’utilisation d’outils de type « open source », chacune présentant des avantages et des inconvénients.
Comme de nombreuses technologies émergentes, la biologie synthétique soulève de nombreuses questions relatives à l’éthique : c’est la première fois que l’homme est confronté à la possibilité de créer de nouvelles formes de vie. Par ailleurs, l’évaluation de la biologie synthétique au regard de la biosûreté et de la biosécurité est essentielle. En effet, la biologie synthétique permet de synthétiser à la demande des virus et des bactéries pathogènes pouvant servir de base au développement d’armes biochimiques. Le problème majeur pourrait pourtant ne pas être de type bioterreur mais plutôt de type bioerreur.
La prise en compte de l’ensemble de ces éléments apparaît nécessaire pour permettre un développement durable de la biologie synthétique et permettre des retombées majeures dans l’économie mais aussi dans notre vie quotidienne.

Summary: Synthetic biology is a new approach to biology, which aims at synthesizing and engineer components and biological systems to new or re-engineering existing biological elements in order to create systems performing useful functions.
This report, mostly made from literature analysis, aims at reporting progress in this area, not at the scientific level but in the context of a "business” approach.
The rapid development of synthetic biology creates a new market and induces a redistribution of the cards, in the fields of biotechnology, energy and petrochemicals. The market is characterized by two types of businesses that are Gene Foundries, which synthesize genes and genetic circuits on demand, and BioSynTechs, which develop microorganisms from these genes synthesized in order to produce biofuels, medicines or chemicals. These companies are the base of a broader economic tissue that integrates academic actors, such as universities and private industries such as food, pharmaceutical and petrochemical. This market has recently already developed traditional strategies of partnership and alliance, and vertical integration upstream and downstream.
Synthetic biology raises many questions about intellectual property: how can one promote investment in innovation? Different approaches are envisaged such as patent protection and copyright, but although tools such as "open source", each with advantages and disadvantages.
Like many emerging technologies, synthetic biology raises many issues relating to ethics: it is the first time that man is facing the possibility of creating new life forms. In addition, the evaluation of synthetic biology in terms of biosafety and biosecurity is essential. Indeed, synthetic biology can synthesize genomes of viruses and bacteria that can serve as a basis for developing biochemical weapons. But the main problem could be just bio-error and not bio-terror.
Taking into account all these factors appears necessary to ensure sustainable development of synthetic biology and allow major impact on the economy but also in our daily lives.

Liens : Rapport | MBA | CV |

La 6ième Semaine du développement durable

2008-04-06T10:33:00.000-07:00

Du 1er au 7 avril 2008 se tient en France la semaine du développement Durable.

Il faut que chacun d'entre nous pense à s'engager à faire un ensemble d'actions dédiées au développement durable. Faisons tous ensemble que notre planète ne s'éteigne pas à petit feu... J'attire votre attention sur le lien "geste du jour" qui propose quelques pistes pour ces quelques gestes qui vont tout changer. le thème de cette année est "consommer et produire durable".

L’organisation de la Semaine du développement durable (SDD) a été décidée par le Premier ministre en novembre 2002. Pilotée par le ministère de l’Ecologie, du Développement et de l’Aménagement durables (MEDAD), cette opération a pour objectifs :
d’informer le grand public sur les composantes du développement durable (développement économique, protection environnementale, progrès social) et sur leur nécessaire complémentarité : il n’y peut y avoir de développement économique sans progrès social et protection environnementale.
de motiver et de soutenir des changements de comportements en expliquant les bonnes pratiques quotidiennes à adopter en faveur du développement durable.

L’édition 2007 de l’opération avait rassemblé plus de 1600 participants.

Nous attendons avec impatience les résultats du grenelle de l'environnement [ Link ] qui ne seront tardés. J'attire votre attention sur le "Un achat, un vote", tous ensemble nous arriverons à faire bouger les choses, à déplacer les frontières.

Links: SiteGouvsemaineDevelopDurable | SiteGouvDeveloppementDurable | ActuEnv |

Biomethodes

2008-02-06T12:43:00.000-08:00

Voici une entreprise de Biotech basée à Evry tout près de mon lieu de travail. Elle est spécialisée dans la conception d'enzymes dédiées à des process industriels. Elle utilise entre autre une méthode de création de mutants haut-débit, pour l'évolution dirigée des protéines.

Biométhodes, based in Evry, near Paris, France, since 1997, first gained a wide technical expertise in protein engineering that was highlighted by dozens of service contracts with a diversity of industries (ABEnzymes, GSK, Roquette, Sanofi-Aventis,…). Biométhodes is now an industrial biotechnology company which exploits its validated technologies to improve enzymes that are critical in major industrial process. A sister company, Biométhodes Therapeutics develops next generation biologicals, with an initial focus on haemophilia.

Links: Biomethodes | Gazettelabo | CCI |

iGem La France à l'honneur

2007-11-06T12:01:00.000-08:00

Sur une idée originale de Serge Smidtas (CEA) et de François Le Fèvre (CEA), l'équipe iGem France a terminé finaliste à la compétition iGem au MIT. Ils ont remporté le prix de la Recherche Fondamentale ! Un grand bravo à cette équipe jeune, certes, mais promis à un grand avenir scientifique!

Les membres de l'équipe (de gauche à droite, de haut en bas):Aurélien Rizk, David Puyraimond, David Bikard, Thomas Landrain, Eimad Shotar, Antoine Spicher, Gilles Vieira, Nicolas Chiaruttini, David Guegan. (DR)

Links: NouvelObs | UnivParisDiderot | Genopole | iGEM Paris 2007

Grenelle de l'environnement

2007-10-13T03:45:00.000-07:00

Un "Grenelle de l'Environnement de l'Etat" se déroulera en France en octobre prochain, avec l'ambitieux objectif de négocier des mesures concrètes qui constitueront autant d'engagements pris par l'Etat, les partenaires sociaux, les entreprises, les associations ainsi que les collectivités territoriales.

6 groupes de travail:

Lutter contre les changements climatiques et maîtriser l’énergie
Préserver la biodiversité et les ressources naturelles
Instaurer un environnement respectueux de la santé
Adopter des modes de production et de consommation durables : agriculture, pêche, agroalimentaire, distribution, forêts et usages durables des territoires
Construire une démocratie écologique : institutions et gouvernance
Promouvoir des modes de développement écologiques favorables à la compétitivité et à l’emploi

Une méthodologie:

Home | ImageCopy | Consultation Net |

Il réunira pour la première fois l’Etat et les représentants de la société civile afin de définir une feuille de route en faveur de l’écologie, du développement et de l’aménagement durables.

Il doit aboutir à la fin du mois d’octobre à un plan d’action de 15 à 20 mesures concrètes et quantifiables recueillant un accord le plus large possible des participants.

Ce plan, dont les mesures seront évaluées a priori et a posteriori , sera donc un point de départ à la mobilisation de la société française pour inscrire son développement dans une perspective durable.

October Compagny: Genoscope

2007-10-13T03:14:00.000-07:00

Comment ne pas présenter l'entreprise pour laquelle je travaille depuis décembre 2003.
Genoscope-Home | Nemo Team |

- Créé en 1997 à Evry, le Genoscope - Centre National de Séquençage - est un grand équipement au service de la communauté scientifique. Sa mission est d'acquérir , de séquencer) et d'analyser l'information génétique de divers organismes d'intérêt scientifique, médical ou économique.
- Founded in 1997 in Evry, near Paris, Genoscope - the French National Sequencing Center - is a research facility which serves the scientific community. Its purpose is to acquire (to "sequence") and to analyse genetic information from various organisms of scientific, medical or industrial interest.

Depuis mai 2007, le Genoscope - Centre National de séquençage, et le Centre National de génotypage, ont été absorbé par le Commissariat à l'Energie Atomique - CEA. Ce rapprochement est à analyser à l'image de ce qui se passe aux USA au Office of Biological and Environment Research du Department of Energie (DOE).
CEA-HOME |

- Acteur majeur en matière de recherche, de développement et d’innovation, le CEA intervient dans trois grands domaines : l’énergie, les technologies pour l’information et la santé, la défense et la sécurité ; en s’appuyant sur une recherche fondamentale d’excellence.
- The CEA is the French Atomic Energy Commission (Commissariat à l'énergie atomique). It is a public body established in October 1945 by General de Gaulle. A leader in research, development and innovation, the CEA mission statement has two main objectives : To become the leading technological research organization in Europe and to ensure that the nuclear deterrent remains effective in the future.

September Company: Metabolic Explorer

2007-09-10T03:16:00.000-07:00

METabolic EXplorer développe et applique des outils biotechnologiques permettant la production à grande échelle de produits chimiques dits de commodité à partir de matières premières renouvelables, à moindre coût par rapport aux procédés pétrochimiques et à impact environnemental réduit. La plate-forme technologique de Metabolic Explorer s'appuie sur des méthodes de fermentation bactérienne brevetées.

Links: MetabolicExplorer | Bourse |

iGEM: The international Genetically Engineered Machine competition

2007-08-18T03:12:00.000-07:00

iGEM est une compétition international en design génétique de cellules. Les étudiants participants à ce concours doivent réaliser un organisme capable de réagir à un stimulus. Pour cela, ils disposent d'un set de brique élémentaire ( promoteur, gene, protéine etc ...) qu'ils peuvent aisément assembler par biologie moléculaire, de façon à construire l'organisme répondant à leur demande. Ainsi, les étudiants ont déjà réaliser des tapis bactériens capables d'impressioner une phtographie, ou encore de mesurer la concentration en arsenic dans l'eau... Je vous invite à decouvrir ce nouveau monde de lego . Visiter le site de l'équipe française!

The Summer 2007 International Genetically Engineered Machine Competition is about to begin. iGEM is an undergraduate Synthetic Biology competition. Student teams are given a kit of biological parts at the beginning of the summer. Working at their own schools over the summer, they use these parts and new parts of their own design to build biological systems and operate them in living cells. During the first weekend of November, they present their work at the iGEM Competition Jamboree at MIT and have a chance to win prizes. They add their new parts to the Registry of Standard Biological Parts for the students in the next year's competition.

Links: Official wiki | French team |

Biblio: New genome scale reconstruction of E. coli

2007-07-16T13:28:00.000-07:00

Voici un article de l'équipe de Palsson sur la méthodologie de la reconstruction in-silico d'un modèle mathématique du métabolisme de la bactérie Escherichia coli. Grâce à ce modèle, les bioinformaticiens sont capables :

de faire des prédictions quant aux capacités de pousse de souches mutantes sur différents milieux nutritifs,
de construire des souches mutantes ( délétions, additions de gènes) qui sont capables de produire de grandes quantités de métabolites utilisés dans différents process industriels ( pharmacologie, agroalimentaire)

Nowadays, scientists are able to modelize a whole part of bacterial metabolism. The procedure is quite simple:

sequence a genome bacteria: get the sequence of A, C, G and T
annotate it: start, stop of gene, gene's functions
create a model of all its reactions
analyse the model in regards of the bacteria behaviour: is the bacteria able to growth under this medium? is able the bacteria mutant to growth under the same medium?

It is incredible how Palsson's group is performant. This paper shows the update of previous Escherichia coli models with EcoCyc data and thermodynamics data. They have merged Palsson's ids and EcoCyc's ids.

A genome-scale metabolic reconstruction for Escherichia coli K-12 MG1655 that accounts for 1260 ORFs and thermodynamic information.
Adam M Feist Christopher S Henry Jennifer L Reed Markus Krummenacker Andrew R Joyce Peter D Karp Linda J Broadbelt Vassily Hatzimanikatis & Bernhard Ø Palsson
Molecular Systems Biology 3, 121 (2007)

Links: Nature | Palsson's home | EcoCyc |